1980 Finaliste, Prix du Gouverneur général du Canada, section : « Études et essais » pour La philosophie et son enseignement au Québec (1665-1920). Finaliste, Grand Prix littéraire de la Communauté urbaine de Montréal pour le même ouvrage.
1988 Prix d’histoire régionale (Québec) de la Société historique du Canada pour le parc Sohmer.
1995 Prix du Gouverneur Général du Canada (essai, en français), pour Louis-Antoine Dessaulles, un seigneur libéral et anticlérical (Fides).
1995 Prix Guy-Frégault pour le meilleur article publié dans la Revue d’histoire de l’Amérique française en 1994 pour « Les « intellectuels » francophones au Québec au XIXe siècle : questions préalables ».
1996 Bourse de recherche Killam (1996-1998).
Prix Maxime Raymond de la Fondation Lionel-Groulx pour la meilleure biographie historique parue depuis trois ans (Louis-Antoine Dessaulles).
2000 Prix CLIO (Québec), Société historique du Canada / Canadian Historical Association pour Histoire sociale des idées au Québec (1760-1896).
2000 Mention honorable, prix John A. MacDonald (SHC / CHA) pour Histoire sociale des idées au Québec (1760-1896).
2000 Prix Richard-Arès de l’Action nationale pour Histoire sociale des idées au Québec (1760-1896).
2000 Prix Raymond-Klibansky, Fédération canadienne des sciences sociales, Programme d’aide à l’édition savante, meilleur ouvrage en Sciences humaines en français pour Histoire sociale des idées au Québec (1760-1896).
2000 Prix Percy-Foy, Société historique de Montréal pour Histoire sociale des idées au Québec (1760-1896).
2000 Médaille Marie Trémaine, Bibliographical Society of Canada / Société bibliographique du Canada.
2002 Conférencier annuel, Wiggins Lecture, American Antiquarian Society, Worchester, Mass.
2003-2004 McGill University, Faculty of Arts, annual Faculty ‘s Award for Distinction In Research. (Chercheur de l’année).
2004 Prix André-Laurendeau, Association canadienne-française pour l’avancement des
sciences (ACFAS).
2004 Médaille de l’Académie des lettres du Québec (travaux sur l’histoire culturelle et intellectuelle du Québec).
2004 Finaliste, Prix du Gouverneur général du Canada, Essais en français : Histoire sociale des idées au Québec, II (1896-1929).
2005 Nommé titulaire d’une Chaire James McGill sur l’histoire comparée du Québec (équivalent des Chaires de recherche du Canada, niveau I).
2005 Prix de la Présidence de l’Assemblée nationale du Québec (pour le meilleur ouvrage sur la politique au Québec en 2004 : Histoire sociale des idées au Québec, II (1896-1929).
2006 Élu à l’Académie des Arts, des Lettres et des Sciences du Canada (Société royale du Canada).
2007 Élu à l’Académie des Lettres du Québec.
2008 Président, Division 2, Académie I de l’Académie des Arts, des Lettres et des Sciences du Canada
2009 Nommé Professor Emeritus, Université McGill
2010 Élu membre d’Honneur de l’Association internationale des études québécoises
2011 Finaliste, Prix Pierre-Vadeboncoeur de la CSN, pour La modernité au Québec (1929-1939)
2013 Doctorat Honoris Causa, Philosophische Fakultät II : Sprach, Literatur und Kulturwissenschaften, Universität des Saarlandes, 13 février 2013.